Một số học giả cho rằng Nefertiti chính là công chúa Tadukhipa (hay Tadukhepa) của Vương quốc Mitanni. Theo lịch sử, công chúa Tadukhipa kết hôn với Pharaoh Amenhotep III để củng cố mối quan hệ của hai đế chế. Amenhotep III qua đời sau khi Tadukhipa tới Ai Cập không lâu. Vì thế, công chúa lại tái giá với con trai của chồng là Amenhotep IV (Akhenaten sau này)[6].

Cũng có quan điểm cho rằng, bà là con gái/cháu gái của Ay, người sau này cầm quyền khi Tutankhamun qua đời, nhưng điều đó nhanh chóng bị bác bỏ[7].

Không biết rõ chính xác thời gian diễn ra hôn lễ của Nefertiti vị Pharaoh Akhenaton. Nhưng người ta tin rằng bà kết hôn năm 15 tuổi, trước khi Akhenaten lên ngôi. Bà có với Akhenaton 6 người con gái, lần lượt là:

1. Meritaten, có thể là Neferneferuaten.
2. Meketaten, chết trong khi sinh con (có thuyết cho là vì bệnh dịch).
3. Ankhesenamun (Ankhesenamen), vừa là chị/em gái, vừa là vợ của Tutankhamun. Sau khi Tut mất, bà lấy Ay.
4. Neferneferuaten Tasherit, có thể là Neferneferuaten. Chết trước khi Tut lên ngôi.
5. Neferneferure, chết vì bệnh dịch.
6. Setepenre (Sotepenre), chết trẻ.

Có giả thuyết cho rằng Akhenaten đã lấy chính con gái của mình làm vợ, là Meritaten, Ankhesenamun và Meketaten.